宿迁市疾病预防控制中心于2002年12月正式成立。在市委、市卫生局党委的正确领导下，以“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观为统领，全面推进机关思想建设、组织建设、作风建设和制度建设，完成或超额完成了上级下达的各项疾病预防控制工作任务，促进了疾病预防控制工作跨越性发展。先后被授予全国医药卫生系统先进集体、全省疾病预防控制工作先进单位、省级文明单位、省爱国卫生先进单位、省抗震救灾先进集体、省工人先锋号、全省卫生系统先进基层党组织、省级巾帼示范岗、省级园林绿化先进单位、市级绿化达标单位、市级安全生产先进单位、市级精品城市建设先进集体等多项荣誉称号。 2007年、2008年、2011年分别获得市级科技进步二等、三等奖。
    中心核定编制为80人，11个科室，分别为：办公室、财务科、地方病与寄生虫病防治科、计划免疫科、急性传染病防制科、慢性传染病防制科、卫生科、质量管理科、健康教育科、检验科、体检中心。本科以上学历38人，中级以上职称36人。 
    中心现有仪器215台套，万元以上32台套，10万元以上8台套,20万元以上12台套，总价值1000余万元。其中原子吸收分光光度计、气相色谱仪、高效液相色谱仪、离子色谱仪、原子荧光光谱仪、荧光定量PCR扩增仪、微生物自动鉴定仪、全自动生化分析仪等为国内一流设备。中心建有千级净化实验室、生物安全二级（P2）实验室、PCR实验室、理化实验室等专业实验室8个。中心通过省级实验室资质认定，可以开展六大类406项卫生检测，是艾滋病确证实验室、食品危害因素检测中心、职业场所危害因素检测中心等。